Okres pobytu w oddziale neurochirurgii wynosi zwykle kilka dni. Szwy z ran usuwane są po 7-10 dniach, jeszcze w trakcie pobytu w oddziale, albo już na wizycie kontrolnej. Po zabiegu wykonywana jest również kontrolna tomografia głowy celem sprawdzenia prawidłowości położenia elektrod.
Bezpośrednio po zabiegu stymulator mózgu jest wyłączony. Jego uruchomienie i ustawienie parametrów stymulacji odbywa się po 4 tygodniach od zabiegu. Zajmuje się tym zwykle neurolog lub neurochirurg w ośrodku, gdzie miała miejsce operacja. Przy wypisie warto od razu umówić się na wizytę celem zaprogramowania stymulatora.
Po powrocie ze szpitala należy obserwować opatrunki na czaszce i w okolicy obojczyka. Rany pod nimi są niewielkie i zwykle szybko się goją. W razie ich zabrudzenia, przemoknięcia, odklejenia się, rany wymagają zabezpieczenia jałowym opatrunkiem (gazikiem lub plastrem z opatrunkiem). Szwy zdejmuje się po około 7-10 dniach. Po zdjęciu szwów można stosować dotychczasowe metody higieny czyli kąpiel w wannie lub pod prysznicem, a osuszone rany przemywać octaniseptem lub wodą z mydłem. Przedłużone gojenie, nasilająca się bolesność, wyciek z rany czy znaczne zaczerwienienie i obrzęk jej okolic wymaga pilnej wizyty kontrolnej u prowadzącego neurochirurga.
Z powodu potencjalnego efektu lezji, u każdego pacjenta, niezależnie od tego czy efekt ten faktycznie występuje czy też nie, włączenie stymulatora i ustawienie jego parametrów może odbywać się nie wcześniej niż po 4 tygodniach od zabiegu. Jest to umowny okres, powyżej którego prawdopodobieństwo utrzymywania się efektu lezji jest bardzo małe a szansa na obiektywne dostosowanie parametrów stymulacji do faktycznego stanu sprawności ruchowej bardzo duża. Okres 4 tygodni to zatem umowny okres, po którym dokonuje się pierwszego włączenia stymulatora i testowania elektrod. Do tego czasu stymulator pozostaje wyłączony. Czasem zdarza się, że chory odczuwa efekt lezji tylko przez kilka dni, ale i w takich przypadkach nie powinno się programować stymulatora wcześniej niż po 4 tygodniach od zabiegu.
W większości ośrodków pierwszego zaprogramowania stymulatora DBS dokonuje neurolog - zwykle ten sam, który kwalifikował chorego do zabiegu i który był obecny w trakcie operacji. To sytuacja idealna, bowiem ten neurolog dobrze zna pacjenta i jest świadomy wszystkich potencjalnych objawów ubocznych stymulacji. Na tą wizytę należy zgłosić się w stanie najgorszej sprawności ruchowej czyli w stanie OFF. Zasady są te same jak w przypadku testu lewodopowego - min. 12 godzin od odstawienia lewodopy i min 24 godz od odstawienia agonisty dopaminy. Zwykle procedura ta odbywa się rano, tak aby chory najkrócej pozostawała w stanie złej sprawności.
Pierwsze ustawienie stymulatora może przysparzać wielu trudności i trwa z reguły kilka godzin. Każda zaimplantowana elektroda stymulująca posiada cztery kontakty (kontakt 0, 1, 2 i 3), z których każdy może być aktywny dając czasem odmienne efekty kliniczne. Neurolog włącza stymulator i kolejno skrupulatnie sprawdza efekt działania wszystkich czterech kontaktów elektrody. Stopniowo zwiększając napięcie prądu obserwuje korzystny efekt kliniczny (zmniejszenie sztywności, spowolnienia i drżenia) a także ewentualne objawy nadmiernej stymulacji (np. zaburzenia mowy, zbaczanie gałek ocznych albo skurcze mięśni twarzy). Zadaniem neurologa jest takie ustawienie parametrów aby pojawiały się jedynie korzystne efekty działania stymulatora DBS bez jakichkolwiek objawów ubocznych.
W chorobie Parkinsona parametry prądu: szerokość impulsu (ang.pulse width, PW) oraz częstotliwość (ang. frequency, freq.) są zwykle stałe i wynoszą odpowiednio - 60ms i 130Hz. Amplituda prądu jest zmienna. Maksymalna amplituda ustawiona na stałe z reguły nie wynosi więcej niż 3,5-4 V.
Najlepszym parametrem do natychmiastowej oceny efektu DBS jest sztywność mięśniowa, gdyż w największym stopniu podlega ona zmianie pod wpływem stymulacji. Drżenie z reguły szybko ulega redukcji po zabiegu DBS ale na jego nasilenie wpływ mogą mieć również inne czynniki, m.in. stan napięcia emocjonalnego czy stosowane inne leki, stąd obiektywna ocena efektu stymulacji jest trudniejsza. Spowolnienie ruchowe z kolei jest zależne od motywacji i zmęczenia pacjenta, a efekt terapeutyczny można obserwować nawet po kilku tygodniach od włączenia stymulatora DBS. Pojawiające się po włączeniu stymulatora dyskinezy świadczą o właściwym umiejscowieniu elektrody i konieczności zmniejszenia dawki leków.
Po ustawieniu stymulatora pacjent od razu otrzymuje porcję lewodopy. Dawkę ustala neurolog, ale zwykle jest to poranna dawka lewodopy, którą dotychczas pacjent przyjmuje. Neurolog obserwuje sprawność chorego w stanie ON czyli z włączonym stymulatorem i w momencie działania leków. Na tej podstawie dostosuje dawkowanie leków przeciwparkinsonowskich.
Jak już wcześniej wspomniano, po zabiegu DBS nadal trzeba pobierać lewodopę lub inne leki przeciwparkinsonowskie. Dawkę tych leków z reguły można zmniejszyć, czasem nawet o kilkaset miligramów na dobę. Nigdy jednak nie da się przewidzieć jak wielka będzie to redukcja i czy w ogóle będzie to możliwe. DBS należy bowiem traktować jak terapię dodaną do już istniejącej, ale niewystarczającej farmakoterapii. To czego brakuje choremu wskutek niedostatków farmakoterapii, otrzyma dzięki DBS. Jeśli efekt zabiegu będzie wyśmienity - wówczas jest szansa na dużą redukcję dawki leków. Jeśli jednak nawet dawka pozostanie ta sama to łączny efekt farmakoterapii i DBS również powinien przynieść poprawę stanu sprawności ruchowej. Dobrze więc nie nastawiać się z góry na to, że będzie można funkcjonować bez leków lub z minimalnymi ich ilościami.
Po pierwszym ustawieniu parametrów stymulacji lekarz zwykle ustala kolejną wizytę za kilka tygodni np 4-6 tyg. Zasadą postępowania jest powolne zwiększanie parametrów stymulacji i powolne dostosowywanie dawki leków. Na każdej kontrolnej wizycie lekarz weryfikuje ustawienie stymulatora i dawkowane leków w zależności od samopoczucia chorego i nasilenia objawów parkinsonowskich. Gdy stan chorego się stabilizuje wizyty mogą odbywać się rzadziej - co 3 lub 6 miesięcy.