Prawidłowo wykonany zabieg podania leku nie powinien spowodować objawów niepożądanych. Jednak, podobnie jak w przypadku innych zabiegów z naruszeniem ciągłości tkanek, w trakcie leczenia toksyną botulinową może dojść do wystąpienia zaburzeń w miejscu wstrzyknięcia związanego z podaniem leku. Wstrzyknięcie może spowodować miejscowe zakażenie, ból, stan zapalny, parestezje, niedoczulicę, tkliwość uciskową, obrzęk, rumień lub krwawienie czy wystąpienie siniaka. Ból i lęk związany z podaniem może również spowodować wystąpienie reakcji wazowagalnych, np. omdleń i niedociśnienia [Charakterystyka produktu leczniczego Botox®, 2015]
Po podaniu toksyny botulinowej typu A zgłaszano także przypadki gorączki i objawów grypopodobnych, przypominających objawy, mogące występować np. po szczepieniach.
Ilość objawów ubocznych w fazie double-blind badania PREEMPT wyniosła odpowiednio 28,5% i 12,4% w grupie leczonej onabotulinumtoxin-A i placebo oraz 38,5% w czasie trwania fazy open-label. Jedynie 4,6% chorych zrezygnowało z terapii z tego powodu. Najczęściej obserwowanym objawem ubocznym był ból szyi (4,3%), osłabienie mięśni szyi (1,6%), ból w miejscu iniekcji (2,1%) oraz opadanie powieki (1,9%) [Aurora SK, 2014]. Iość objawów ubocznych zmniejsza się wraz z kolejnymi cyklami terapii.