Właściwie zaprogramowany stymulator DBS nie powinien powodować objawów ubocznych. Po zabiegu mogą jednak pojawiać się naturalne zjawiska takie jak np. zmiana masy ciała.
Po zabiegu DBS, u wielu pacjentów obserwowany jest kilkukilogramowy wzrost masy ciała. Spowodowany jest on kilkoma czynnikami, wśród których wymienia się wpływ stymulacji na ośrodkowy układ nerwowy i zmniejszenie leków dopaminergicznych. Ponadto, długotrwałe dyskinezy i nasilone drżenie powodują zwiększone zapotrzebowanie energetyczne i prowadzą do zmniejszenia wagi ciała, pomimo utrzymywania tych samych nawyków żywieniowych i nie ograniczania posiłków. Po zabiegu DBS, wraz z ustąpieniem dyskinez i drżenia, wydatek energetyczny organizmu jest zdecydowanie mniejszy co prowadzi do wzrostu masy ciała. Dla większości chorych wahania wagi nie stanowią istotnego problemu, a zwykle po 1-2 latach dochodzi do jej normalizacji.
Po zabiegach DBS obserwuje się długofalową zdecydowaną redukcję dyskinez. Niemniej jednak bezpośrednio po zabiegu i podczas pierwszego programowania DBS możliwe jest przejściowe ich nasilenie co opisano powyżej. W każdym przypadku nagłego nasilenia dyskinez należy zgłosić się do swojego lekarza prowadzącego, który zmodyfikuje parametry stymulacji albo dawkowanie leków. W sytuacji znacznego nasilenia dyskinez należy pilotem wyłączyć stymulator do czasu konsultacji z lekarzem.
Pogorszenie w obszarze zaburzeń chodu i postawy jest rzadkim objawem ubocznym DBS. W przypadku ich wystąpienia należy zgłosić się do swojego lekarza prowadzącego, który najpewniej zmodyfikuje ustawienia stymulatora lub zmodyfikuje farmakoterapię. Jeżeli zaburzenia chodu i postawy były znacznie nasilone już przed zabiegiem DBS, wówczas możliwość poprawy po zabiegu jest niewielka. Objawy te wynikają bowiem z uszkodzenia innych szlaków nerwowych i nie są zależne od stymulacji DBS. Jeśli zaburzenia chodu są objawem ubocznym stymulacji, powinny ustąpić po zmianie parametrów stymulatora.
Ściszenie mowy (hypofonia) i jej pogorszenie (dyzartria) występuje częściej po stymulacji wzgórza (DBS-ViM) niż j.niskowzgórzowego (DBS-STN). Najważniejszą przyczyną tych zaburzeń jest stymulacja sąsiednich szlaków nerwowych. W przypadku pogorszenia mowy po zabiegu DBS należy zgłosić się na wizytę kontrolną. Dobrze jest przeprowadzić ocenę logopedyczną przy włączonym i wyłączonym stymulatorze. Prostą ocenę mowy można wcześniej przeprowadzić w domu wyłączając i ponownie włączając stymulator. Pogorszenie mowy po włączeniu stymulatora wskazuje na objaw uboczny stymulacji. Jeśli włączenie stymulatora nie powoduje zmiany w zakresie dyzartrii, stymulacja może być niewystarczająca lub redukcja dawki lewodopy po zabiegu jest zbyt duża. Zwiększenie dawki lewodopy przy włączonym stymulatorze daje z reguły poprawę funkcji mowy.
Połowicze toniczne skurcze mięśni, obecne często już w trakcie operacji, są efektem stymulacji sąsiednich szlaków nerwowych. Zwykle najbardziej wyrażone są w obrębie twarzy i kończyny górnej po stronie przeciwnej do stymulowanej części mózgu. Obserwuje się je zwykle podczas pierwszego programowania stymulatora przy dużych wartościach parametrów prądu. Stanowią one wskazówkę dla lekarza co do położenia elektrody i możliwości jej zaprogramowania. Z reguły nigdy nie pojawiają się w odległym czasie. Jeśli wystąpią - wymagają pilnej konsultacji z lekarzem.
Przejściowe mrowienia i drętwienia kończyn po stronie przeciwnej do stymulacji zwykle pojawiają się przy włączaniu lub wyłączaniu stymulatora DBS albo po zwiększaniu amplitudy prądu. Ustępują w ciągu kilku sekund i nie wymagają żadnej interwencji. Jeśli utrzymują się dłużej wymagają modyfikacji parametrów stymulacji.
Zaburzenia ruchomości gałek ocznych są jednym z objawów ubocznych stymulacji, łatwym do wykrycia już w czasie zabiegu. Możliwe jest występowanie podwójnego widzenia lub zbaczania gałek ocznych. Zwykle objawy te zostają szybko zauważone podczas operacji lub podczas programowania stymulatora. W razie utrzymujących się problemów z widzeniem (podwójne kontury przedmiotów, niepełne pole widzenia) należy powiadomić o tym swojego lekarza prowadzącego. Objawy te są odwracalne i ustępują po zmianie parametrów stymulacji.
Jednym z rzadziej obserwowanych objawów po DBS jest tzw. apraksja otwierania powiek czyli trudności w otwarciu oczu. Przyczyna tych zaburzeń jest nieznana. Występują one bardzo rzadko. Modyfikacja ustawienia parametrów stymulatora jest zwykle nieefektywna. Korzystny efekt przynosi wówczas leczenie toksyną botulinową.
Infekcje w okresie okołooperacyjnym są rzadkie, a zapobiega im właściwa higiena rany i stosowanie antybiotykoterapii. Możliwe jest natomiast wystąpienie jałowej atrofii i erozji skóry czyli miejscowego ścieńczenia i zaniku skóry aż do przerwania jej ciągłości, bez zakażenia bakteryjnego. Jest to rzadkie i zwykle późne powikłanie zabiegu. Jej przyczyna jest nieznana, a w grę wchodzić może reakcja skóry na umieszczone ciało obce. Wytworzone przez infekcje lub erozje przetoki skórne i odsłonięcie systemu DBS wymagają zawsze natychmiastowego skierowania pacjenta do oddziału neurochirurgicznego celem opracowania rany i antybiotykoterapii, a w niektórych przypadkach nawet usunięcia całości lub części stymulatora. Po wygojeniu rany możliwe jest ponowne za implantowanie systemu DBS .
Problemy emocjonalne są objawem samej choroby Parkinsona, jak również mogą być efektem stymulacji DBS. W okresie pooperacyjnym może wystąpić przejściowe splątanie, nadmierna euforia albo objawy depresyjne. Objawy te z reguły szybko ustępują. Długofalowo obserwowane ewentualne zaburzenia pamięci wydają się być jednak objawem naturalnego przebiegu schorzenia. Istotne zaburzenia pamięci występują bowiem u 80% chorych po 10-12 latach trwania choroby Parkinsona. Uważa się, ze DBS nie zwiększa ryzyka otępienia, a zaburzenia płynności mowy ( tzw. fluencji słownej) oraz funkcji wykonawczych są jedynymi objawami związanymi z DBS. U wszystkich chorych po DBS zaleca się okresowe badania funkcji poznawczych. Wykonuje się je zwykle podczas wizyt kontrolnych.